Nach dem Piratenangriff von „Pie de Palo“ im Jahr 1553 wurde das Dominikanerkloster von den führenden Familien wiederaufgebaut. Dies ist der Fall beim Bau der Hauptkapelle auf Kosten von Don Juan de Santa Cruz, Generalleutnant von La Palma und Vizegouverneur von Teneriffa, Eroberer von Malabueys und Gouverneur von Cartagena de Indias, der ein Altarbild mit Gemälden aus Flandern bringen ließ, um die Hauptkapelle zu schmücken, in der sein Wappen und Porträts von ihm und seiner Frau Juana Luisa de Cervellón zu sehen sind.
Die Gemälde dieses Altaraufsatzes, die den Manierismus der Brügger Schule repräsentieren und Pierre Pourbus „dem Älteren“ zugeschrieben werden, wurden 1703, als der heutige Barockaltar errichtet wurde, aus ihrem ursprünglichen Rahmen herausgelöst.
Die ikonografische Botschaft dieses Altars stellt den Triumph der katholischen Lehre über die häretischen Abweichungen dar, eine Auseinandersetzung, die zu jener Zeit die europäische Landkarte spaltete.
– Die Tafel des Erzengels Sankt Michael, Schutzpatron des Dominikanerklosters von San Miguel de La Palma, zeigt den Teufel, der ein Schwert in der Hand hält und die Waage trägt, Symbol des besonderen Gerichts, dem die Seele des Gläubigen nach dem Tod unterworfen ist, dargestellt durch eine nackte Figur in betender Haltung, auf einem der Tabletts, das der Teufel zu seinen Gunsten zu kippen versucht. Der heilige Michael ist als Held in römischer Tracht dargestellt, der die katholische Kirche vertritt und gegen die Ketzerei, dargestellt durch den Teufel, kämpft.
– Die Tafel des heiligen Johannes des Täufers zeigt mit dem Finger auf das Lamm, Symbol des Opfers des Pessachmahls, bei dem Christus die Eucharistie eingesetzt hat, ein Sakrament, das von der protestantischen Reformation geleugnet wurde; im Hintergrund sieht man die Predigt des Täufers inmitten der Natur eines Waldes.
– Im Zusammenhang mit der Jungfrau Maria steht die Tafel der Genealogie Jesu und des Stammbaums von Jesse, die von den Worten des Propheten Jesaja inspiriert ist: „Und aus der Wurzel des Jesse wird eine Rute hervorgehen, und aus seiner Wurzel wird eine Blume wachsen“; sie zeigt den Heiligen Joachim und die Heilige Anna, die Eltern der Jungfrau Maria, mit einer Lilienrute, die aus ihnen hervorgeht und deren Blüte sich öffnet, um die Jungfrau und das Kind zu zeigen.
– Die ikonografische Botschaft des Altarbildes wird durch die Tafel mit den Dominikanerheiligen, den bedeutendsten Heiligen im Kampf gegen die Ketzerei, noch verstärkt. Auf dem rechten Flügel und in der ersten Reihe sind zu sehen: Der heilige Dominikus von Guzman, der den Teufel zertritt; der heilige Petrus, der Märtyrer von Verona, der den Leichnam eines Soldaten mit seinem Fuß zertritt, eine weitere Symbolfigur der Ketzerei; und der heilige Thomas von Aquin, eine feste Bastion der orthodoxen Lehre der Kirche. Es gibt auch andere Heilige wie den Heiligen Albert und die Heilige Katharina von Siena.

Abgesehen von den Tafeln des fehlenden Hauptaltars besitzt die Kirche ein großes Gemälde, das aufgrund seiner Qualität und Ikonografie von Bedeutung ist: Das Heilige Abendmahl, das von dem Antwerpener Maler Ambrosius Francken (1544-1615) signiert wurde, gilt unter Wissenschaftlern als das repräsentativste Gemälde des romanischen Michelangelo-Stils in der flämischen Kunst des Manierismus auf den Kanarischen Inseln. Ursprünglich war es nicht für die Kirche in Auftrag gegeben worden, sondern befand sich bis 1621 im Hauptraum des Hauses der Familie Santa Cruz, Nachkommen des Junggesellen Santa Cruz, des Stifters des alten Hauptaltarbildes. Interessanterweise befindet sich die Signatur des Malers auf dem Messer eines der Apostel, bei dem es sich um den Heiligen Bartholomäus handeln könnte, da dies sein ikonografisches Symbol ist.
Die Grisaille-Tafeln des Heiligen Franz von Assisi und des Heiligen Bischofs Blasius schließlich gehören zum alten Hauptaltarbild, das vom Lizentiaten Santa Cruz gestiftet wurde. Bei den Grisaille-Tafeln handelt es sich um die Türen, die das alte Altarbild verschlossen, was bei den Altarbildern jener Zeit sehr üblich war. Diese Gemälde waren im Allgemeinen monochrom, in Grautönen, die durch Abstufungen von Schwarz und Weiß erreicht wurden. Sie simulieren unpolychromierte Steinskulpturen mit Figuren in einem Rahmen oder einer Nische, die auf Sockeln stehen. Im vorliegenden Fall erscheinen der Heilige Franziskus und der Heilige Blasius in einer Nische auf einem Sockel, und um diese Idee zu verstärken, bringt der Maler das Bein bis an den Rand des Sockels vor, um mehr Bewegung zu erzeugen und so das lebendige Aussehen der Figuren zu verstärken. Die Verwendung von Farbe in Fleischtönen, wie im vorliegenden Fall, ist in der Grisaille des 16. Jahrhunderts sehr verbreitet, insbesondere in Brügge, der Stadt des Malers, dem es zugeschrieben wird, Pierre Pourbus „der Ältere“.