Tras el ataque pirático de “Pie de Palo” en 1553, el convento dominico fue reconstruido por  las principales familias. Es el caso de la edificación de la capilla mayor a expensas del licenciado Juan de Santa Cruz, teniente general de La Palma y teniente de gobernador de Tenerife, conquistador de Malabueys y gobernador de Cartagena de Indias, que hizo traer de Flandes un retablo de pintura para decorar la capilla mayor, donde aparecía sus escudos y los retratos de él y su esposa Juana Luisa de Cervellón.

Las pinturas que componían este retablo, representativas del manierismo de la escuela de Brujas y atribuidas a Pierre Pourbus “el Viejo” fueron desmembradas de su marco original en 1703, cuando se construyó el actual retablo barroco.

El mensaje iconográfico de este retablo representa el triunfo de la doctrina católica frente a las desviaciones heréticas, confrontación que, por entonces, dividía el mapa europeo.

• La tabla del Arcángel San Miguel, titular del convento dominico de San Miguel de La Palma, aparece batiendo al demonio, con espada en alto y portando la balanza, símbolo del juicio particular a que se somete, tras la muerte, el alma del fiel, representada por una figura desnuda en actitud orante, sobre una de las bandejas, que el diablo intenta inclinar a su favor. San Miguel se nos representa como un héroe vestido a la romana, representante de la Iglesia católica que combate con la herejía, representada por el demonio.
• La tabla de San Juan Bautista, patrono de los donantes Juan de Santa Cruz y Juana Luisa de Cervellón, señala con su dedo al cordero, símbolo del sacrificio de la cena pascual, donde Cristo instituyó la Eucaristía, sacramento negado por la reforma protestante; al fondo contemplamos, entre la naturaleza de un bosque, la predicación del Bautista.
• En relación a la Virgen María se encuentra en la tabla de La Genealogía de Jesús y el Árbol de Jesé, que se inspira en las palabras del profeta Isaías: “Y saldrá una vara de la raíz de Jesé y de su raíz subirá una flor”; presenta a San Joaquín y Santa Ana, padres de la Virgen, brotando de ellos una vara de azucena cuya flor se abre para mostrar a la Virgen con el Niño. Este tema iconográfico del Árbol de Jesé, según el historiador Trens, fue la forma gráfica de presentar la concepción virginal de María hasta la creación en el siglo XVI de la iconografía de la Inmaculada Concepción de Nuestra Señora.
• El mensaje iconográfico del retablo se refuerza con la tabla de los Santos Dominicos, santos más distinguidos en la lucha contra la herejía. En el ala derecha y en primera fila aparecen: Santo Domingo de Guzmán pisando al demonio; San Pedro Mártir de Verona, que aplasta con su pie el cuerpo de un soldado, otra figuración de la herejía; y Santo Tomás de Aquino firme baluarte de la ortodoxia doctrinal de la Iglesia. Aparecen también otros santos como San Alberto o Santa Catalina de Siena.

Al colocar correlativamente las tablas de San Juan Bautista, La Genealogía de Jesús y Santos Dominicos, podemos comprobar cómo tanto la línea de tierra como los paisajes y el cielo se continúan de una a otra.

Aparte de las tablas del desaparecido retablo mayor, la iglesia cuenta con un gran lienzo, relevante por su calidad como por su iconografía: se trata de La Santa Cena, firmada por el pintor de Amberes Ambrosius Francken (1544-1615), está considerado por los estudiosos como la pintura más representativa del romanismo miguelangelesco en el arte flamenco manierista en Canarias. No fue un encargo primigeniamente para el templo, pues presidió hasta 1621 la sala principal de la casa de la familia Santa Cruz, descendientes del licenciado Santa Cruz, donante del antiguo retablo mayor. Como dato curioso, la firma del pintor se encuentra en el cuchillo que empuña uno de los apóstoles, que bien podría ser San Bartolomé, ya que éste es su símbolo iconográfico.

Por último, las tablas-grisallas de San Francisco de Asís y San Blas obispo, pertenecen al antiguo retablo mayor, donado por el licenciado Santa Cruz. Las grisallas son las puertas que cerraban el antiguo retablo, algo muy común en la retablística de la época. Estas pinturas eran generalmente monocromas, en tonos grises, conseguidos mediante gradaciones de blanco y negro. Simulan esculturas en piedra sin policromar con las figuras dentro de un marco u hornacina, situadas sobre pedestales. Es el caso que nos ocupa, San Francisco y San Blas aparecen dentro de una hornacina sobre un pedestal y, para reforzar esta idea, el pintor le adelanta la pierna al borde mismo del pedestal para dar mucho más movimiento y así reforzar el aspecto vivo de las figuras. El uso del color en carnaciones, como es el caso que nos ocupa, es muy común en las grisallas del siglo XVI y, en particular, de Brujas, ciudad del pintor al que se le atribuye, Pierre Pourbus “el Viejo”.