Die dem heiligen Thomas von Aquin gewidmete Kapelle wurde von dem flämischen Ritter Louis Van de Walle, genannt „der Alte“, erbaut und war 1554 im Bau und 1567 bereits fertiggestellt. Nach dem Aussterben des Klosters im Jahr 1836 wurde dieses Altarbild abmontiert, und sein Verbleib war bis vor einigen Jahren unbekannt, als diese Gruppe von Gemälden in verschiedenen Sammlungen auf Teneriffa entdeckt wurde. Nach einer Untersuchung könnte es sich um das Werk des niederländischen Malers Jan Swart van Groningen um 1547 handeln. Von diesem alten Altarbild ist nur noch der ursprüngliche Altartisch erhalten, dessen Vorderseite mit sevillanischen Kacheln aus dem 16. Jahrhundert bedeckt ist und der hinter einem anderen, 1792 von Fray Pedro García gestifteten Holztisch verborgen ist.

Als Symbol des Privilegs ist auch der private Eingang erhalten geblieben, der es den Besuchern der Kapelle ermöglichte, direkt von der Straße aus einzutreten und zur vergitterten Tribüne hinaufzusteigen, durch die sie den Gottesdiensten folgen konnten, ohne gesehen zu werden. Er wurde 1730 hinter dem Altarbild der Jungfrau des Rosenkranzes unter der Schirmherrschaft von Don Luis José Van de Walle Cervellón errichtet, der auch die Erlaubnis erhielt, ein Fenster zu öffnen, um von der Tribüne aus die Kanzel sehen zu können.

Heute wird die Kapelle von einem ornamentalen Altaraufsatz beherrscht, der sich im Kirchenschiff oder in einer Kapelle im Kreuzgang des Klosters befunden haben könnte. Es handelt sich um einen manieristischen Altaraufsatz mit plateresken Verzierungen aus dem letzten Drittel des 17. Jahrhunderts. Der Altar wird von dem an die Säule gebundenen Bildnis des Herrn beherrscht, einem Werk des Bildhauers Andrés Falcón San José aus der Mitte des 20. Der zweite Bereich wird von einem Gemälde des Heiligen Ludwig, König von Frankreich und Schutzpatron der Familie Van de Walle, eingerahmt, das der flämischen Skulptur desselben Heiligen nachempfunden ist, die in der Pfarrkirche von Matriz de El Salvador verehrt wird.

Die Kapelle wird von einer Mudéjar-Decke aus dem 16. Jahrhundert umschlossen, die mit Spitzen verziert ist, die sich über alle Schürzen erstrecken, die mit einer schillernden Polychromie aus pflanzlichen Rosetten, floralen Motiven und von der Renaissance-Groteske inspirierten Motiven verziert sind, die symmetrisch im Fries angeordnet sind.