La capilla dedicada a Santo Tomás de Aquino fue erigida por el caballero flamenco Luis Van de Walle, llamado “El Viejo”, se estaba edificando en 1554 y en 1567 estaba ya edificada. Estaba presidida por un gran retablo de pintura que representaba la historia del Santísimo Sacramento y del Maná que, tras la extinción del convento en 1836 ese retablo se desmembró y no se supo de su paradero hasta hace algunos años que se ha identificado ese conjunto de pinturas en varias colecciones de Tenerife. Tras su estudio podría ser obra del pintor holandés Jan Swart van Groningen alrededor de 1547. De este antiguo retablo solo se conserva la mesa de altar original, con frontal revestido de azulejos sevillanos del siglo XVI, ocultos tras otro de madera donado en 1792 por fray Pedro García.

Subsiste también, como símbolo de privilegio, la entrada de uso privado que permitía a los patronos de la capilla acceder directamente desde la calle y subir hasta la tribuna de celosías, a través de las cuales podían seguir el oficio religioso sin ser vistos. Fue construida, a las espaldas del retablo de la Virgen del Rosario, en 1730, siendo patrono don Luis José Van de Walle Cervellón, que obtuvo licencia igualmente para abrir ventana para poder ver el púlpito desde la tribuna.

Actualmente, la capilla la preside un retablo-hornacina que pudo estar en la nave de la iglesia o en alguna capilla del claustro conventual. Es un retablo manierista con decoraciones platerescas del último tercio del siglo XVII. El altar lo preside la imagen del Señor atado a la Columna, obra de mediados del siglo XX del escultor Andrés Falcón San José, y procesiona en la noche del Martes Santo. En el segundo cuerpo de enmarca la pintura de San Luis Rey de Francia, patrono de la familia Van de Walle, teniendo como modelo la escultura flamenca del mismo santo que se venera en la Parroquia Matriz de El Salvador.

La capilla se cierra con techumbre mudéjar del siglo XVI, decoradas con lacería, que se despliega por todos los faldones, decorados con una deslumbrante policromía a base de rosetones vegetales, motivos florales y temas inspirados en el grutesco renacentista, dispuestos simétricamente en el friso.