Le plan de l’église a été complété à la fin du XVIe siècle par l’ajout de la chapelle de Notre Dame du Rosaire, la deuxième chapelle latérale de l’Épître. Elle abrite le plus ancien retable de l’église, un splendide retable ornemental de style baroque, réalisé par Andrés del Rosario et son fils Lorenzo de Campos en 1660. Sa conception, clairement maniériste, semble dériver du traité d’architecture de Palladio, bien que dans ses lignes et sa décoration, l’on puisse également remarquer l’influence du portail principal de la Paroisse  Matriz de El Salvador, datant de 1585. Dans le grenier se trouve une peinture de Dieu le Père qui y a été placée entre 1664 et 1666. C’est ici qu’est vénérée l’image magnifiquement habillée de Notre Dame du Rosaire, œuvre du sculpteur Fernando Estévez datant de 1833, qui a remplacé une image plus ancienne.