La chapelle dédiée à Saint Thomas d’Aquin a été construite par le chevalier flamand Louis Van de Walle, connu sous le nom de « Le Vieux », et était en cours de construction en 1554 pour être achevée en 1567. Après l’extinction du couvent en 1836, ce retable a été démembré et on ignorait où il se trouvait jusqu’à ce que, il y a quelques années, ce groupe de peintures soit identifié dans plusieurs collections de Ténérife. Après étude, il pourrait être l’œuvre du peintre néerlandais Jan Swart van Groningen vers 1547. De cet ancien retable, il ne reste que la table d’autel originale, dont la façade est recouverte de carreaux sévillans du XVIe siècle, cachée derrière un autre autel en bois offert en 1792 par le Frère Pedro García.

Symbole de privilège, l’entrée privée qui permettait aux Patrons de la chapelle d’entrer directement par la rue et de monter à la tribune grillagée, à travers laquelle ils pouvaient suivre l’office religieux sans être vus, a également été conservée. Elle a été construite derrière le retable de la Vierge du Rosaire en 1730, sous le patronage de Don Luis José Van de Walle Cervellón, qui a également obtenu l’autorisation d’ouvrir une fenêtre pour pouvoir voir la chaire depuis la tribune.

Aujourd’hui, la chapelle est présidée par un retable ornemental qui aurait pu se trouver dans la nef de l’église ou dans une chapelle du cloître du couvent. Il s’agit d’un retable maniériste avec des décorations plateresques du dernier tiers du XVIIe siècle. L’autel est présidé par l’image du Seigneur attaché à la colonne, une œuvre du sculpteur Andrés Falcón San José datant du milieu du XXe siècle, qui est portée en procession la nuit du Mardi Saint. La deuxième section est encadrée par le tableau de Saint Louis Roi de France, patron de la famille Van de Walle, inspiré de la sculpture flamande du même Saint qui est vénérée dans l’église paroissiale de Matriz de El Salvador.

La chapelle est entourée d’un plafond mudéjar du XVIe siècle, décoré de dentelles, qui se déploie sur tous les pans, ornés d’une éblouissante polychromie à base de rosaces végétales, de motifs floraux et de thèmes inspirés des grotesques de la Renaissance, disposés symétriquement dans la frise.