Hacia 1700 se inicia un ambicioso proyecto de renovación con el fin de reafirmar la importancia del convento y de crear un símbolo de poder de una Orden distinguida, entre otras particularidades, en el campo de las artes. En la empresa tuvieron un papel destacado varios frailes artistas, escultores y pintores dominicos que decoraron casi exclusivamente la iglesia y el convento. Los primeros años fueron de gran actividad, tanto en la febril labor decorativa, de gran empaque barroco, como en la creación de un programa iconográfico para glorificar el triunfo de la Iglesia y de la Orden de Predicadores. Esta importante empresa estuvo alentada por Fray Andrés Maldonado. La renovación comenzó por la capilla mayor, cuyas paredes fueron elevadas y la reconstrucción de la techumbre y, ya en 1702 se trabajaba en la construcción del nuevo retablo, obra de Juan Lorenzo y que se terminó en 1705; púlpito y coro conventual. Dorado en 1751, el retablo mayor ha sido definido por el historiador Trujillo Rodríguez como “el mas bello, completo y barroco ejemplo de los retablos de columnas salomónicas pareadas y dos cuerpos existentes en el Archipiélago. Representa también la aparición en La Palma de la columna salomónica. En retablo sigue ostentando, como símbolo inequívoco de patronato, las armas de Santa Cruz, en el lado preferente del Evangelio, y las de Cervellón, en el de la Epístola, labradas con gruesa y abultada talla barroca.

En estas obras destacaron dos frailes-artistas que tenían en común el ser hermanos legos: el escultor fray Marcos Gil y el pintor-decorador fray José de Herrera. A fray Marcos se le dio el encargo de realizar las esculturas del retablo mayor y el púlpito, entre otros. De su gubia es, probablemente, el San Miguel triunfante que preside el altar mayor, ataviado como guerrero a la romana, armado y victorioso. Se trata de la iconografía del santo como príncipe y comandante de las huestes celestiales, sosteniendo escudo y bastón de mando, idea iconográfica muy representada en la pintura del siglo XVIII de este santo. En este retablo también se les da culto a las imágenes de San Francisco de Asís, lado de la epístola, obra montañesina del siglo XVII, donado por el capitán Antonio Pinto de Guisla; y la escultura de San Joaquín, lado del evangelio, única obra escultórica de este santo en la isla. De manera protagonista cobran las imágenes del primer cuerpo del retablo, las imágenes de Jesús Nazareno, Nuestra Señora de los Dolores, conocida popularmente como “La Magna”, obras del escultor Fernando Estévez en 1841; y San Juan Evangelista, obra de Manuel Hernández “El Morenito” de 1843. Estas tres imágenes procesionan el Miércoles Santo protagonizando el tradicional Encuentro o “Punto en la Plaza”.